[已解决]rJava的配置问题

[iclementine]

在 openSUSE 下， 我的和 java 相关的东西的路径应该是在
/usr/lib64 下，里面有

java
java-1.5.0
java-1.6.0
java-1.7.0
java-1_7_0-openjdk-plugin
java-1.8.0
java-1_8_0-openjdk-plugin
java-ext
jvm
jvm-commmon
jvm-exports
jvm-private
这些目录。
然后我在 bash 里面直接打 java -version 和 javac -v 都是有正常的返回信息的。

但是 GNU R 的一个包 rJava 安装的时候总是无法装上， 这是什么原因。有什么方法解决吗？
注： 安装 rJava 的信息如下：

* installing source package ‘rJava’ … ** 成功将‘rJava’程序包解包并 MD5 和检查 checking for gcc… gcc -std=gnu99 checking whether the C compiler works… yes checking for C compiler default output file name… a.out checking for suffix of executables… checking whether we are cross compiling… no checking for suffix of object files… o checking whether we are using the GNU C compiler… yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g… yes checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89… none needed checking how to run the C preprocessor… gcc -std=gnu99 -E checking for grep that handles long lines and -e… /usr/bin/grep checking for egrep… /usr/bin/grep -E checking for ANSI C header files… yes checking for sys/wait.h that is POSIX.1 compatible… yes checking for sys/types.h… yes checking for sys/stat.h… yes checking for stdlib.h… yes checking for string.h… yes checking for memory.h… yes checking for strings.h… yes checking for inttypes.h… yes checking for stdint.h… yes checking for unistd.h… yes checking for string.h… (cached) yes checking sys/time.h usability… yes checking sys/time.h presence… yes checking for sys/time.h… yes checking for unistd.h… (cached) yes checking for an ANSI C-conforming const… yes checking whether time.h and sys/time.h may both be included… yes configure: checking whether gcc -std=gnu99 supports static inline… yes checking whether setjmp.h is POSIX.1 compatible… yes checking whether sigsetjmp is declared… yes checking whether siglongjmp is declared… yes checking Java support in R… configure: error: absent R was configured without Java support. Please run R CMD javareconf as root to add Java support to R. If you do not have root privileges, run R CMD javareconf -e to set all Java-related variables and then install rJava. ERROR: configuration failed for package ‘rJava’ * removing ‘/usr/lib64/R/library/rJava’ 下载的程序包在 ‘/tmp/RtmpMp0NDK/downloaded_packages’里 更新’.Library’里的 HTML 程序包列表 Making ‘packages.html’ … 做完了。 Warning message: In install.packages(“rJava”) : 安装程序包‘rJava’时退出狀態的值不是 0

然后按照要求 sudo R CMD javareconf 配置一番， 显示的结果是：

Java interpreter : /usr/bin/java Java version : 1.8.0_60 Java home path : /usr/lib64/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0/jre /usr/lib64/gcc/x86_64-suse-linux/4.8/…/…/…/…/lib64/crt1.o：在函数‘_start’中： /home/abuild/rpmbuild/BUILD/glibc-2.19/csu/…/sysdeps/x86_64/start.S:118：对‘main’未定义的引用 collect2: error: ld returned 1 exit status Java compiler : not functional Java headers gen.: /usr/bin/javah Java archive tool: /usr/bin/jar trying to compile and link a JNI program detected JNI cpp flags : detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm gcc -std=gnu99 -I/usr/lib64/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -fpic -fmessage-length=0 -grecord-gcc-switches -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -g -c conftest.c -o conftest.o gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib64/R/lib -L/usr/local/lib64 -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib64/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/lib64/R/lib -lR JAVA_HOME : /usr/lib64/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0/jre Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/amd64/server JNI cpp flags : JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm Updating Java configuration in /usr/lib64/R Done.

这说明了什么问题呢， 接下去应该如何处理呢。
@PaleFire 求助啊

[hounh]

从这里安装试试？：
software.opensuse.org/package/R-rJava?search_term=rjava

[iclementine]

谢谢，原来这里有。我之前在 yast 里面直接搜索搜不到以为没有打包，一般都是直接用 R 内置的包管理系统，有时候就会有某些包装不上，因为没有弄好编译和配置环境。原来在这可以搜索到。谢谢。

以及，感谢 SUSE 和狐吧。

[iclementine]

@hounh

从这里安装试试？： software.opensuse.org/package/R-rJava?search_term=rjava

但是装好了之后
library(“rJava”) 的时候返回了这样的错误信息
Inconsistency detected by ld.so: dl-lookup.c: 167: check_match: Assertion `version->filename == ((void *)0) || ! _dl_name_match_p (version->filename, map)’ failed!

估计是有什么版本问题了

[iclementine]

修好了。大概是忘了装 java 的开发包的原因。真是惭愧了