比如我将/dev/sdb 这个共 500G 的机械硬盘给虚拟机分配了 499G(但真实系统已经存放了 460G 的数据)，安装完 xp 虚拟机后在磁盘管理里格式化这个 499G 的本地磁盘是否会导致我真实系统的机械硬盘里的数据丢失？
不知道你是怎么给虚拟机分配的。如果是创建了个虚拟机硬盘文件的话，不会影响。如果是把 /dev/sdb 上的某个分区啥的分配过去了的话，此分区的数据当然会丢失。
我在 xp 虚拟机里格式化我分配给它自己创建的 120G 虚拟硬盘的时候差不多用了两分钟，但是我当时的虚拟硬盘占的空间总共 3M，如果它不是在格式化真实系统里的硬盘的话，我搞不明白 xp 系统格式化个新建的虚拟 3M 大的硬盘文件为啥会花两分钟。
我也不了解 Windows 的格式化。但你分配的是虚拟机硬盘文件的话，它是不会改变该文件之外的数据的。
虚拟机的磁盘空间分配方式有多种：
“动态分配”： Guest OS 里的磁盘在 Host OS 里只是一个普通文件，刚开始时，文件尺寸很小。然后在使用过程中， Guest OS 里的数据写入不断增加， Host OS 里的那个文件跟着膨胀。所以这时你的 Host OS 磁盘分区里本身已经占用了 460G 的数据，剩余空间非常有限时依然可以给 Guest OS 分配 499G 的空间，因为实际数据并没有那么多。如果在 Guest OS 里不断写入数据，导致 Host OS 里的磁盘空间占满了，也只是提示你 “磁盘空间满”，然后虚拟机被强行关闭中止。不可能粗暴地胡乱删除 Host OS 磁盘里的文件。
“静态分配”：如果给 Guest OS 静态分配 499G 的空间，那么一开始就在 Host OS 里分配 499G 以上的空间。你现有的状态下，磁盘空间不足，用不了这种模式。
“绕过 Host OS 的文件系统，直接占用整个物理磁盘或者某个磁盘分区，在裸磁盘或者裸分区上写入 Guest OS 的数据”。这种方式由于少了一层 Host OS 的文件系统，所以性能好。但很危险，兼容性也可能存在问题。